Для взаимодействия с системой ЕГАИС на кассе должно быть установлено программное обеспечение, совместимое с программным модулем системы. В данный момент ФГУП «ЦентрИнформ», разработчик ЕГАИС, проводит сертификацию различного кассового программного обеспечения.
На сегодняшний день программные продукты компании АТОЛ, Frontol 4 (Frontol для Win32 версии 4.9.19) и Frontol 5, уже прошли тестирование и готовы к работе с ЕГАИС (подтверждения соответствия можно найти на сайте разработчика системы).